BwUniCluster2.0/Software/R/cummeRbund: Difference between revisions
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Latest revision as of 15:20, 30 October 2024
General information
CummeRbund
is an R
package designed to aid and simplify the task of analyzing Cufflinks RNA-Seq output.
Installation instructions
Preparations
Installing CummeRbund
involves compiling source code. Therefore, ensure that the following flags are set in $HOME/.R/Makevars
:
cat ~/.R/Makevars CXX14=g++ CXX17=g++ CXX14FLAGS += -std=c++14 CXX17FLAGS += -std=c++17 CXXFLAGS = -O3 -fPIC -march=cascadelake -ffp-contract=off -fno-fast-math -fno-signed-zeros -fopenmp -Wno-unknown-warning-option
If necessary, the appropriate compiler flags can be set by running the following lines of code:
mkdir -p ~/.R echo "CXX14=g++" > ~/.R/Makevars echo "CXX17=g++" >> ~/.R/Makevars echo "CXXFLAGS = -O3 -fPIC -march=cascadelake -ffp-contract=off -fno-fast-math -fno-signed-zeros -fopenmp -Wno-unknown-warning-option" >> ~/.R/Makevars echo "CXX14FLAGS += -std=c++14" >> ~/.R/Makevars echo "CXX17FLAGS += -std=c++17" >> ~/.R/Makevars
Since installing glmnet
involves compiling, we start an interactive session on one of the compute nodes:
salloc -n 1 -t 30 -p dev_single
From within the interactive session, load R 4.4.1:
module load math/R/4.4.1-mkl-2022.2.1-gnu-13.3
Install the R package
The CummeRbund
package is not available from CRAN but can be installed from BioConductor:
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("cummeRbund")
Test the installation
As a quick test of the installation of CummeRbund
the following lines of code can be run:
### R code from vignette source 'cummeRbund-example-workflow.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: init ################################################### options(width=65) ################################################### ### code chunk number 2: loadLib ################################################### library(cummeRbund) ################################################### ### code chunk number 3: read ################################################### cuff <- readCufflinks(dir=system.file("extdata", package="cummeRbund")) cuff ################################################### ### code chunk number 4: model_fit_1 ################################################### d<-dispersionPlot(genes(cuff)) d ################################################### ### code chunk number 5: model_fit_1_plot ################################################### d<-dispersionPlot(genes(cuff)) d print(d) ################################################### ### code chunk number 6: rep_boxplot_1 ################################################### pBoxRep<-csBoxplot(genes(cuff),replicates=T) pBoxRep ################################################### ### code chunk number 7: rep_dendro_1 ################################################### pDendro<-csDendro(genes(cuff),replicates=T) pDendro ################################################### ### code chunk number 8: rep_boxplot_1_plot ################################################### pBoxRep<-csBoxplot(genes(cuff),replicates=T) pBoxRep print(pBoxRep) ################################################### ### code chunk number 9: rep_dendro_1_plot ################################################### pDendro<-csDendro(genes(cuff),replicates=T) pDendro print(pDendro) ################################################### ### code chunk number 10: boxplot_1 ################################################### pBox<-csBoxplot(genes(cuff)) pBox ################################################### ### code chunk number 11: boxplot_1_plot ################################################### pBox<-csBoxplot(genes(cuff)) pBox print(pBox) ################################################### ### code chunk number 12: diff_exp_genes_1 ################################################### sigGeneIds<-getSig(cuff,alpha=0.05,level="genes") head(sigGeneIds) length(sigGeneIds) ################################################### ### code chunk number 13: diff_exp_genes_2 ################################################### hESCvsFibroblast.sigGeneIds<-getSig(cuff,"hESC","Fibroblasts",alpha=0.05,level="genes") head(hESCvsFibroblast.sigGeneIds) length(hESCvsFibroblast.sigGeneIds) ################################################### ### code chunk number 14: diff_exp_genes_3 ################################################### sigGenes<-getGenes(cuff,sigGeneIds) sigGenes ################################################### ### code chunk number 15: diff_exp_feat_1 ################################################### sigGeneIds<-getSig(cuff,alpha=0.05,level="isoforms") head(sigGeneIds) length(sigGeneIds) ################################################### ### code chunk number 16: ind_gene_1 ################################################### Pink1<-getGene(cuff,'PINK1') Pink1